SCP to anomalie, które zostały złapane przez Fundację. SCP są przechowywane w licznych placówkach należących do Fundacji na całym świecie; do tych placówek zaliczają się obiekty takie jak Site-48, Site-17 oraz Site-02, z czego ostatnia jest właśnie miejscem gdzie rozgrywa się akcja w SCP: Secret Laboratory. Mimo że niektóre anomalie są szkodliwe lub wrogie, inne mogą być bardzo użyteczne, jeśli zostaną prawidłowo wykorzystane. W grze można znaleźć następujące obiekty SCP.
